二级建造师证书注册到公司的流程如下：
登录注册管理系统
访问“中国建造师网”或当地建设主管部门提供的注册平台。
登录“注册建造师管理信息系统”，选择二级建造师并选择注册。
填写注册资料
在系统中填写个人真实资料，包括身份信息、教育背景、工作经历等。
插入准备注册的企业密码锁，进入企业版系统。
填报个人参与过的工程信息，以便于企业了解你的实际工作经验。
提交注册申请
打印带条形码的表格并盖章签字，上交主管部门。
使用档案袋装下列纸质材料上交到主管部门，包括企业资质复印件、执业资格证书复印件、毕业证书复印件、身份证复印件、合同复印件、照片等。
等待审核
提交申请后，等待市、州及扩权试点县（市）建设主管部门的初审同意。
初审通过后，省建设岗注册中心在13个工作日内提出审查建议。
省建设岗注册中心通过之后，省住房和城乡建设厅作出表示同意或不予以同意决定且公告。
完成注册
审核通过后，可以领取注册证书和执业印章。
至此，二级建造师资格已成功转入新单位，可以开始在新单位从事相关的工作。
继续教育
根据相关规定，二级建造师需要定期参加继续教育以保持其资格证书的有效性。
转入新单位后，应关注并按时完成规定的继续教育学时，以确保资格证书的有效性不受影响。
建议：
在注册过程中，确保所有提交的材料真实有效，避免因材料问题影响注册进度。
提前了解并确认转入单位的条件和要求，确保符合相关规定。
在注册过程中保持联系方式畅通，以便及时接收审核结果和相关通知。