监理工程师错误指令导致的后果及责任承担如下：
施工单位应立即与监理工程师联系
施工单位在发现监理工程师发出错误指令导致停工后，应首先与监理工程师进行沟通，明确指出错误指令的问题，并要求其及时修改错误指令并提供解决方案。
及时通知相关管理部门和业主
施工单位还应通知项目相关管理部门和业主，确保信息的透明度和及时沟通，以便尽快解决问题并恢复施工进度。
追究责任的权利
如果监理工程师的错误指令给施工单位造成了实际损失，施工单位有权保留追究监理工程师或其所在监理公司责任的权利。
索赔权利
根据建设工程合同中的相关条款，如果监理工程师的错误指令导致承包商产生额外成本或损失，承包商可以根据合同中的索赔条款提出索赔要求。这通常涉及额外的费用或工期延误。
合同条款的适用
在处理此类问题时，应首先查阅合同条款，确定责任归属和索赔依据。如果合同中没有明确约定，可能需要参考相关法律法规和行业标准来处理。
综上所述，施工单位在遇到监理工程师错误指令时，应积极与监理工程师沟通，并依据合同条款和相关法律规定，采取适当措施维护自身权益。