总监理工程师在以下情况下可以停止指令：
施工作业活动存在重大隐患，可能造成质量事故或已经造成质量事故；
承包单位未经许可擅自施工或拒绝项目监理管理；
在出现必须暂停施工的紧急事件时；
为了保证工程质量而需要进行停工处理；
施工出现了安全隐患，总监理工程师认为有必要停工以消除隐患；
建设单位要求暂停施工且工程需要暂停施工。
建议：总监理工程师在签发工程暂停令前，应仔细评估停工的影响范围和程度，并严格按照委托监理合同所授予的权限执行。同时，承包单位在收到“工程暂停令”后，应在规定时间内完成相关整改工作，并填报工程复工报审表，报请项目监理机构进行核查。