消防工程师会扣分。具体扣分制度和标准如下：
累积记分管理：
注册消防工程师的违法行为实行累积记分管理，记分周期为3年，满分为20分，从注册证、执业印章领取之日起计算。
扣分标准：
依据违法行为的严重程度，一次记分的分值为20分、10分、3分、2分、1分五种。
处罚措施：
在一个记分周期内累积记分达到20分的，原注册审批部门应当对其予以注销注册。
违规行为：
扣分通常指违规行为导致的分数扣除，具体扣分规则可参考《消防工程师职业道德准则》。
因此，消防工程师在执业过程中如果违反相关规定，会进行扣分，累积扣分达到一定数额会受到相应处罚，包括注销注册等。建议注册消防工程师严格遵守相关规定，以维护行业秩序和个人职业前景。