注册消防工程师的管理主要归属于 应急管理部及其下属的消防救援局。2018年3月13日，国务委员王勇在进行国务院机构改革方案的说明时阐明，将公安部的消防管理职责和其他部门相关职责整合，组建应急管理部，作为国务院组成部门。因此，自2019年起，注册消防工程师的实施部门由原公安部、人社部改为应急管理部、人社部，并一直延续至今。
此外，虽然消防部门（通常隶属于政府的公安部门或消防局）在消防安全工作中扮演着重要角色，并且消防工程师在其中负责策划、设计、实施和监督城市消防工程项目，但注册消防工程师的资格认证和管理是由应急管理部门负责的。
综上所述，注册消防工程师的管理部门主要是 应急管理部及其下属的消防救援局。