如果您作为建造师发现自己的证书被单位扣押，您可以采取以下步骤来解决问题：
协商：
首先尝试与单位进行协商，说明扣押证书是违法行为，并要求归还。
劳动仲裁：
如果协商无效，您可以向当地劳动仲裁部门申请仲裁。
法律诉讼：
如果仲裁结果不满意，或者单位不配合，您可以向法院提起诉讼。
劳动监察：
您还可以向当地劳动监察部门举报，由劳动行政部门介入处理。
注销手续：
如果需要注销证书，而单位不配合，您可以携带相关材料至省级建设行业行政主管部门办理注销手续。
补办证件：
作为最后的手段，您可以到发证机构申请补办证书，同时注销原证件。
请确保您保存了所有相关的证据，如劳动合同、工资条、工作证明等，以便在需要时提供。