二级建造师证书的缺点主要包括：
适用范围有限：
二级建造师证书只能在省内范围注册使用，相比一级建造师，其适用范围较窄，存在地域局限性。
执业规模受限：
大中型项目的项目经理必须具有一级建造师资格，而二级建造师只能担任中小项目的项目经理，这限制了其职业发展和项目规模。
备考耗时且压力大：
备考二级建造师考试需要投入大量时间和精力，且考试难度较大，给考生带来较大的心理压力。
专业性要求高：
二级建造师考试涉及的专业知识较为严谨，考试重点固定，考试内容以实际工程为背景，对缺乏经验的考生来说难以通过。
技术含量高，存在专业壁垒：
二级建造师证书要求具备较高的技术含量，专业壁垒使得非相关专业的考生难以进入这一领域。
综上所述，虽然二级建造师证书具有一定的职业优势，如提升职业素养和增加收入，但在适用范围、执业规模、备考难度和专业性方面存在明显的不足。考生在考虑报考时，需要综合考虑自身的实际情况和职业规划，以做出最合适的选择。