注册安全工程师证书的发放机构是 中华人民共和国应急管理部和人力资源社会保障部共同负责。具体来说，应急管理部负责组织考试、制定考试大纲、编写教材等工作，而人力资源社会保障部则负责审定考试科目、考试标准以及证书的发放等工作。
注册安全工程师职业资格证书是通过职业资格考试取得的，该考试由人力资源和社会保障部与应急管理部共同组织实施，每年在全国范围内举行一次。
考试合格后，由各省、自治区、直辖市的人力资源社会保障部门负责颁发注册安全工程师职业资格证书（中级）。该证书由人力资源社会保障部统一印制，应急管理部和人力资源社会保障部共同用印，确保证书的真实性和有效性。
因此，注册安全工程师证书的发放是由人力资源和社会保障部联合应急管理部共同负责的，具体由各省、自治区、直辖市的人力资源社会保障部门负责颁发。建议您在申请注册安全工程师证书时，向当地的人力资源社会保障部门咨询具体的颁发流程和所需材料。