监理工程师的科目准备顺序有以下几种建议：
《建设工程监理基本理论和相关法规》 → 《建设工程合同管理》→ 《建设工程目标控制》→ 《建设工程监理案例分析》。
《建设工程合同管理》→ 《建设工程监理基本理论和相关法规》→ 《建设工程目标控制》→ 《建设工程监理案例分析》。
《建设工程监理基本理论和相关法规》→ 《建设工程合同管理》→ 《建设工程监理案例分析》→ 《建设工程目标控制》。
综合以上建议，最合理的备考顺序为：
《建设工程监理基本理论和相关法规》：
作为监理知识体系的基础，首先学习此科目，为后续学习打下坚实的理论基础。
《建设工程合同管理》：
在掌握基础理论后，紧接着学习合同管理，以便更好地理解合同管理在监理工作中的重要性。
《建设工程目标控制》：
在掌握基础科目和合同管理后，开始学习目标控制，以便更好地理解工程目标的控制和管理能力。
《建设工程监理案例分析》：
最后学习案例分析，这科是综合应用前面几科知识的考试，需要分析和解决实际监理案例中的问题。
建议考生按照这个顺序进行备考，以确保系统性和高效性。