监理工程师在审核工程文件时，应遵循以下原则：
全面性：
审核工作应全面覆盖所有相关文件和资料，确保无遗漏。
准确性：
审核的内容应准确无误，符合设计要求和工程标准。
客观性：
审核过程中应保持客观，不受任何外部因素的影响。
公正性：
审核应公正合理，确保所有参与方得到公平对待。
及时性：
对于施工图、设计文件等，应及时进行审查，发现问题及时提出。
合规性：
确保施工方提交的文件符合相关法律法规和标准要求。
技术可行性：
审查技术方案和设计文件，确保技术上可行。
质量审查：
确保施工过程中的质量控制符合标准要求。
安全审查：
确保施工过程中的安全控制符合标准要求。
环保审查：
确保施工过程中的环保控制符合标准要求。
合理性审查：
确保经济上合理，并符合相关标准要求。
优化审查：
对初步设计进行全面的优化，确保其满足使用功能和施工工艺要求。
责任和追究：
对于质量问题，应及时整改并记录，追究责任并提出整改方案。
这些原则共同确保监理工程师的审核工作能够有效地保障工程质量和安全，同时符合法律法规和行业标准。