二级建造师的预付回扣通常是根据合同规定以及双方协商的结果来计算的。以下是一些常见的计算方式：
固定金额回扣
在签订合同时，双方会约定一个固定的预付回扣金额。例如，如果甲方支付给乙方一定金额的预付款，乙方同意在项目完成后返还一定比例的预付款作为回扣。这个比例通常是事先商定好的，比如预付款的10%。
按比例回扣
另一种常见的计算方式是按比例回扣。在这种模式下，乙方会根据实际完成的工作量来计算应返还的预付回扣金额。例如，如果乙方完成了总工作量的50%，那么可能需要返还相当于已支付预付款50%的金额作为回扣。
时间因素考虑
在实际操作中，预付回扣的计算还可能考虑到时间因素。例如，如果乙方未能在规定时间内完成工作，可能需要支付额外的回扣以补偿甲方的损失。这种情况下，回扣的计算可能会更加复杂，需要根据具体情况来确定。
其他因素
除了上述因素外，预付回扣的计算还可能受到其他因素的影响，如材料成本的变化、工程进度的调整等。
预付备料款的回扣方法
起扣点计算
起扣点是指承包工程价款总额减去预付备料款后，开始扣回预付款的累计已完成工程价值。起扣点的计算公式为：
[
起扣点 = 合同造价 - left（ frac{预付备料款}{主要材料所占比重} right）
]
例如，如果合同造价为1000万元，预付备料款为1560万元，主要材料所占比重为60%，则起扣点为：
[
起扣点 = 1000 - left（ frac{1560}{0.6} right） = 1000 - 2600 = -1600 text{万元}
]
由于起扣点为负数，说明在工程开始时，预付款已经全部扣回，不需要再分期扣还。
百分比法
按年度工作量的一定比例确定预付款的回扣。建筑工程不超过25%，安装工程不超过10%，30万以内的小项目可不付预付款。
合同形式
预付备料款的回扣方法可由发包人和承包人通过洽商用合同的形式予以确定，也可针对工程实际情况具体处理。例如，有些工程工期较短、造价较低，就无需分期扣还；有些工期较长，如跨年度工程，其备料款的占用时间很长，根据需要可以少扣或不扣。
建议
明确合同条款：在签订合同时，应明确预付回扣的计算方式、比例、时间以及其他相关条款，以避免后期纠纷。
定期评估：在项目实施过程中，应定期评估工程进度和材料使用情况，确保预付回扣的计算和扣回符合合同约定。
灵活调整：根据实际情况，双方可以协商调整预付回扣的计算方式和比例，以应对项目中的不确定性和变化。