监理工程师处理工程质量问题的程序规范如下：
质量问题发现与判断
监理工程师在发现工程质量问题后，首先应判断其严重程度。
对可以通过返修或返工弥补的质量问题，可签发《监理通知》，责成施工单位写出质量问题调查报告，提出处理方案，填写《监理通知回复单》报监理工程师审核后，批复承包单位处理，必要时应经建设单位和设计单位认可，处理结果应重新进行验收。
需要加固补强或影响后续工序的质量问题
对需要加固补强的质量问题，或质量问题的存在影响下道工序和分项工程的质量时，应签发《工程暂停令》，指令施工单位停止有质量问题部位和与其有关联部位及下道工序的施工。
必要时，应要求施工单位采取防护措施，责成施工单位写出质量问题调查报告，由设计单位提出处理方案，并征得建设单位同意，批复承包单位处理。处理结果应重新进行验收。
施工单位调查与报告
施工单位接到《监理通知》后，应在监理工程师的组织参与下，尽快进行质量问题调查并完成报告编写。
监理工程师审核与确认
监理工程师审核、分析质量问题调查报告，判断和确认质量问题产生的原因。
在原因分析的基础上，认真审核签认质量问题处理方案。
处理方案实施与跟踪检查
指令施工单位按既定的处理方案实施处理并进行跟踪检查。
处理结果验收
质量问题处理完毕后，监理工程师应组织有关人员对处理的结果进行严格的检查、鉴定和验收，写出质量问题处理报告，报建设单位和监理单位存档。
这些程序规范确保了工程质量问题的及时发现、有效处理，并保证了处理结果符合设计要求和施工规范，从而保障了工程的整体质量。