南京高校的考研难度整体较高，具体排名如下：
南京大学：
南京大学作为南京最好的大学，同时也是全国排名前十的好大学，考研难度极大。南京大学是985和211工程高校，位于江苏省省会南京，考研竞争激烈，录取分数线较高。各专业报录比基本在10%以上，部分专业甚至高达100%。
东南大学：
东南大学是南京另一所顶级高校，考研难度也很大。作为985和211工程高校，东南大学的考研竞争同样激烈，录取分数线较高。
南京理工大学：
南京理工大学作为工信部直属的七所院校之一，考研难度也较大。特别是在工科领域，南京理工大学的考研竞争较为激烈。
南京航空航天大学：
南京航空航天大学作为985和211工程高校，考研难度也较高。学校在航空、航天等领域具有优势，吸引了大量考生报考。
河海大学：
河海大学在水利工程、环境科学等领域具有优势，考研难度也较大。
南京师范大学：
南京师范大学在师范类专业方面具有较高声誉，考研难度也较大。由于报考人数较多，竞争压力较大。
南京医科大学：
南京医科大学在医学领域具有较高声誉，考研难度也较大。特别是临床医学等专业，竞争激烈。
南京邮电大学：
南京邮电大学在通信、电子信息等领域具有优势，考研难度适中。虽然竞争压力较大，但研究生培养质量有保证。
中国药科大学：
中国药科大学在药学领域具有较高声誉，考研难度适中。学校的专业设置较为独特，吸引了大量考生报考。
南京农业大学：
南京农业大学在农业、生命科学等领域具有优势，考研难度适中。学校整体实力较强，考研竞争较为激烈。
南京信息工程大学：
南京信息工程大学在大气科学、环境科学等领域具有优势，考研难度适中。学校整体实力较强，考研竞争较为激烈。
南京财经大学：
南京财经大学在经济学、管理学等领域具有优势，考研难度适中。学校整体实力较强，考研竞争较为激烈。
南京工业大学：
南京工业大学在工科领域具有优势，考研难度适中。学校整体实力较强，考研竞争较为激烈。
建议
南京大学和 东南大学的考研难度非常大，适合学霸和顶级高校的学生报考。
南京理工大学、 南京航空航天大学、 河海大学、 南京师范大学、 南京医科大学等高校的考研难度也较大，但仍有较多招生名额，适合有一定实力的学生报考。
南京邮电大学、 中国药科大学、 南京农业大学、 南京信息工程大学、 南京财经大学、 南京工业大学等高校的考研难度适中，可以根据个人兴趣和专业方向进行选择。
考生可以根据自身实际情况和目标，选择合适的院校和专业进行报考。