软件工程日语考研的学校包括以下几所：
1. 北京外国语大学
2. 上海外国语大学
3. 华东师范大学
4. 同济大学
5. 南京大学
6. 复旦大学
7. 武汉大学
8. 东京大学
9. 京都大学
10. 早稻田大学
此外，还有一些学校也接受日语考研，但专业更偏向于软件开发和相关领域，例如：
1. 哈尔滨工业大学（计算学部）
2. 哈尔滨工程大学（计算机科学与技术学院）
3. 武汉理工大学（计算机科学与技术学院）
4. 辽宁大学（信息学院）
5. 辽宁科技大学
6. 长春师范大学
7. 长安大学
8. 青岛大学
建议根据自己的兴趣和职业规划，综合考虑学校的地理位置、专业实力、师资力量以及考研难度等因素，选择最适合自己的学校。