日本硕士直升研究生的流程可以总结为以下几个步骤：
选择大学和专业
学生首先需要确定自己想要申请的大学和专业。
准备申请材料
学生需要准备一系列申请材料，包括个人陈述、进学计划、研究材料等，以凸显自身的学术优势和科研潜力。
联系日方导师或院系
通过邮件等方式与意向的导师或院系建立联系，展示自己的研究内容和个人优势。
面试指导
学生可能会接受面试指导，包括必考题解析和模拟面试等，以应对可能出现的面试环节。
提交报名材料并办理签证手续
完成所有报名材料的提交，并办理相应的留学签证手续，以便能够顺利进入日本的大学院学习。
此外，如果学生的日语水平不足，可以选择先申请语言学校，通过语言学校的学习提高日语能力，然后再参加修士考试。
对于英语能力较强的学生，还可以考虑申请日本的SGU（Super Global University）英文授课项目，这个项目不需要学生具备日语能力，适合英语水平较高的学生申请。
在申请过程中，学生还需要注意以下几点：
仔细检查目标专业院校的招生要求，并根据要求准备和提高日语及英语成绩。
提前联系教授，了解教授的研究方向，并表明自己的研究兴趣和计划。
在获得教授的内诺（口头承诺）后，根据学校的要求准备相应的材料，并按照学校的规定提交申请。
通过以上步骤和准备，学生可以顺利完成从国内到日本的硕士直升研究生流程。