复旦大学和上海交通大学都是国内顶尖的综合性大学，各自在文理科领域有着显著的优势。选择哪所学校考研，主要取决于个人的专业兴趣和职业规划。
复旦大学
优势学科：复旦大学在中文、历史、哲学、公共管理、经济学等文科类专业方面实力较强。此外，其医学院在基础医学方面也有很高的声誉。
专业排名：在教育部的学科评估中，复旦大学在生物学、生物医学工程等专业上表现优异，与清华大学和北京大学并列第三。
学校声誉：复旦大学在国内及国际上的知名度较高，是许多考生梦寐以求的理想大学。
上海交通大学
优势学科：上海交通大学在工科、理科、医学和管理学方面较为突出。其机械、材料科学、船舶海洋、电气自动化、建筑、软件、机械动力、航空航天、核科学技术、电子通信等专业在国内具有很高的竞争力。
专业排名：在教育部的学科评估中，上海交通大学在生物学、机械工程、船舶与海洋工程、临床医学、工商管理等专业上获得“A+”评价。
学校声誉：上海交通大学同样是国内顶尖高校，拥有悠久的历史和丰富的教育资源，尤其在工程学和医学方面享有很高的声誉。
建议
文科生：如果对中文、历史、哲学、经济学等文科类专业有浓厚兴趣，且希望在一个历史悠久、人文气息浓厚的学校中学习，复旦大学是更好的选择。
理科生：如果对工科、理科、医学等专业有浓厚兴趣，希望在科研项目和实践能力方面有所提升，上海交通大学可能更适合。
商科生：在工商管理、金融工程等专业方面，上海交通大学的管理学院和安泰经济与管理学院具有很高的声誉，是一个不错的选择。
综合考虑，如果你已经确定了专业方向，可以根据自己的兴趣和职业规划来选择学校。如果专业方向不明确，可以综合考虑学校的学科优势、专业排名以及学校的整体声誉来做出选择。无论选择哪所学校，都需要做好充分的准备和规划，以应对激烈的竞争。