中国药科大学：
国内最早设立制药工程专业的高校之一，教学和科研经验丰富，是领军高校。
沈阳药科大学：
在制药工程领域有很强实力和口碑。
北京化工大学：
药物合成和工艺优化方面研究实力强。
浙江大学：
生物医学工程与仪器科学系在制药工程方面有丰富的教学和研究经验。
南京工业大学：
药物制剂和药物分析方面研究实力强。
华东理工大学：
制药工程专业在国内享有较高声誉，实验设备和教学资源一流。
天津理工大学 、 河北科技大学、 山西大学、 内蒙古工业大学、 哈尔滨商业大学等：
这些学校也适合制药工程专业的考研。
建议根据个人兴趣、研究方向和地域优势，综合考虑以上院校进行选择。