发酵工程考研通常包括以下科目：
1. 政治：全称为思想政治理论，为全国统考科目。
2. 英语：通常学硕考英语（一），专硕考英语（二），为全国统考科目。
3. 数学：通常工学门类中对数学要求较高的专业考数学（一），对数学要求低的专业考数学（二），为全国统考科目。
4. 专业课：不同院校的发酵工程专业考试科目会有所差异，可能包括生物化学、生物物理化学、生物化学工程、发酵工艺学、微生物学、生物反应器工程、生化工艺实验、统计学、食品工程、制药工程、化学工程基础、数学方法等。
具体考试科目和参考书目，建议查看目标报考院校的官方网站公布的招生专业目录。