南京中医药大学考研的科目包括：
政治（科目代码101），主要考察考生对马克思主义基本原理、中国特色社会主义理论体系、中国近现代史基本问题、思想道德修养与法律基础以及时事政治等方面的理解和掌握。
英语（科目代码201英语一），测试考生的英语语言基础、阅读理解、翻译及写作能力。
专业基础综合（科目代码350中药专业基础综合），涵盖中药学领域的多个核心学科，包括中药化学、药理学、有机化学、分析化学、生物化学、仪器分析、药剂学及微生物学等。
此外，针对不同的研究方向，可能还有其他特定的考试科目。例如，药物技术转移专业的初试考试科目还包括349药学综合。建议考生根据具体的研究方向和学院要求，进一步确认和准备相关考试科目。