医学硕士研究生的论文要求通常包括以下几个方面：
基本要求
学术论文发表：
医学科学（理学）学位硕士研究生至少须以第一作者在《中国科技论文统计源期刊》上发表（含录用）论着1篇。
医学专业学位（临床医学专业、口腔医学专业）硕士生至少须以第一作者在《中国科技论文统计源期刊》上发表（含录用）综述1篇。
论文相关性与署名：
研究生在学期间发表的学术论文应以上海交通大学医学院作为署名单位。
发表的学术论文须与其学位论文相关。
SCI论文发表：
以共同第一作者在列入SCI检索的学术刊物上发表的论着，排名第二位（IF≧3.0），或排名第三位（IF≧5.0）的论着，以1篇计入统计数。
论文内容要求
论文题目：要求准确、简练、醒目、新颖。
目录：目录是论文中主要段落的简表，短篇论文不必列目录。
提要：是文章主要内容的摘录，要求短、精、完整，字数600-800字。
引言：字数应在500之内，简要说明研究工作的目的、范围、相关领域前人所做的工作和研究空白，本研究理论基础、研究方法、预期结果和意义。
正文：包括文献综述、材料与方法、结果和讨论等部分，内容应科学、严谨、逻辑性强。
其他要求
论文长度：
硕士学位论文字数一般为4~5万，硕士专业学位论文一般为2~5万。
在读期间需发表一篇到三篇的学术论文。
格式与排版：
论文应使用中文撰写，封面、目录、摘要、正文、注释、参考文献、附录等部分应规范排版。
摘要和关键词应单独列页，字体和格式应符合要求。
提交材料
申请学位时，应提交发表论文所在刊物该期的封面、目录及本人论文全文首页的复印件或录用证明原件、复印件及论文校样稿。
这些要求可能因学校和专业的不同而有所调整，建议在具体操作前，查阅所在学校或导师提供的详细要求。