申请日本考研主要有以下几种方式：
导师内诺制
流程：学生主动联系教授，教授从众多申请者中筛选出条件优秀且研究内容契合的人，通过邮件沟通和网络面试进行考察，给出口头上的录取承诺。
准备：在导师的指导下确定想要申请的教授和研究方向，准备研究计划书，参加面试，获取教授内诺。
所需材料：个人履历书、成绩单、研究计划书、日语和英语能力证明、经费支付能力证明、推荐信等。
统一审查制（统一出愿）
流程：学生直接向学校提交申请材料，有些大学需要通过学校事务老师联系教授或统一选考。
准备：提交包括个人履历书、成绩单、研究计划书、日语和英语能力证明、经费支付能力证明、推荐信等常规材料。
所需材料：愿书、履历书、研究计划书、成绩单、毕业证明、推荐信、检定料缴纳证明、经费支付能力证明、语言能力证明等。
申请条件
学历要求：通常要求申请者具有本科学士学位或同等学历。
语言能力：
日语：文科生一般要求N1水平，理工科生一般要求N2水平，部分专业可能要求更高。
英语：理工科生通常要求雅思6.5以上或托福85以上，文科生一般不做要求，但部分学校和专业可能要求英语成绩。
经济条件：需要提供银行存款证明，证明有足够的经济能力支付留学费用。
年龄要求：一般建议正规教育毕业5年之内申请。
申请时间线
提前准备：建议至少提前一年开始准备，包括研究计划书、语言学习、相关论文等。
套磁教授：提前8个月至半年开始与教授套磁，展现个人实力和科研能力。
出愿材料提交：根据学校官网发布的时间和要求，按时提交各项材料。
其他注意事项
材料真实性：确保提交的所有材料真实有效，避免因材料问题影响申请结果。
选校策略：多选几所大学，但不要太多，以免精力跟不上。
签证办理：申请成功后，需要办理日本留学在留资格和签证。
以上是申请日本考研的基本流程和注意事项，具体申请过程可能因学校和专业的不同而有所差异，建议提前规划并咨询专业人士以获取更详细的指导。