南工程自动化考研可以选择以下学校：
清华大学：
国内最顶尖的高校之一，自动化专业在教育部评估中名列第一，提供大量就业岗位。
上海交通大学：
自动化专业在智能控制和机器人方向具有显著优势，拥有雄厚的师资和良好的教学环境。
浙江大学：
在自动化领域具有很高的声誉和影响力。
华中科技大学：
国家级特色专业，自动化专业在就业方向上广泛，贴近工业过程控制、电力电子技术等领域。
东南大学：
985、211、双一流学校，自动化专业实力较强。
南京理工大学：
南京的知名高校，自动化专业有较好的就业前景。
南京工业大学：
南京的工科学校，自动化专业也有较好的发展。
建议根据个人兴趣、研究方向和职业规划，综合考虑这些学校的优势和特色，选择最适合自己的学校进行报考。