福建工程学院的学生可以选择以下高校进行考研：
厦门大学：
厦门大学是中华人民共和国教育部直属的全国重点大学，国家“211工程”和“985工程”重点建设的高水平大学。福建工程学院的土木工程系学生可以报考厦门大学的土木工程专业。
福州大学：
福州大学是福建省内知名的大学，其计算机软件专业在福建省内排名第一。福建工程学院的软件工程专业学生可以选择报考福州大学。
浙江大学：
浙江大学也是国内顶级高校，福建工程学院的土木工程系学生可以考虑报考浙江大学的土木工程专业。
此外，福建工程学院的学生还可以考虑报考其他一些高校的相关专业，如信息学院、材料学院等，具体选择可以根据个人兴趣和目标进行。
建议
选择目标高校：根据个人兴趣和职业规划，选择合适的考研高校和专业。
了解招生信息：详细查看目标高校的招生简章，了解考试科目、招生人数、复试分数线等信息。
提前准备：尽早开始复习，制定详细的学习计划，确保在考试前能够全面准备。
关注招生政策：注意目标高校的招生政策变化，及时获取最新的招生信息。
希望这些信息对你有所帮助，祝你考研顺利!