日本拥有众多世界级的大学，其中一些著名的大学包括：
东京大学：
日本最顶尖的大学，在多个学科领域具有很高的国际声誉。
京都大学：
日本排名第二的国立综合大学，以工学、理学、医学等学科著称。
大阪大学：
日本国立研究型综合大学，以医学院和工学院在国际上享有高评价。
一桥大学：
日本首屈一指的商科大学，专注于人文及社会科学领域。
东北大学：
以医学、工学、理学闻名，鲁迅曾在此学习医学。
早稻田大学：
日本私立双雄之一，以商科教育著称。
筑波大学、 神户大学、 名古屋大学等也是日本知名的高等教育机构。
此外，还有专门的语言学校或预科课程，如济南大学日本留学预科和哈尔滨工业大学（威海）日本留学预科，为有意留学日本的学生提供预备课程。