办理日本三年留学签证的步骤如下：
确定学校和专业
选择合适的日本学校和专业。
准备申请材料
成绩单、推荐信、个人陈述等。
护照原件和复印件。
在留资格认定证明书。
财力证明，如银行存款证明。
学历证明，如毕业证复印件或学信网认证。
其他可能需要的文件，如户口本复印件、身份证等。
递交申请
将申请材料递交给学校招生办公室。
学校会协助你向日本入国管理局申请在留资格认定。
等待录取通知
收到学校的入学许可通知。
交纳费用
向学校交纳报名费、入学注册费、学费等。
提交签证申请
向日本驻中国大使馆或领事馆提交签证申请。
可以选择亲自递交或委托他人代为递交。
等待签证审核
签证审批时间通常为5-7个工作日。
保持手机畅通，以便接收使馆或领事馆的通知。
领取签证
审核通过后，你将收到领取签证的通知。
请注意，以上步骤和所需材料可能根据具体情况有所变化，建议提前与学校或相关机构确认最新信息。另外，建议提前规划申请时间，避免高峰期。