日本留学海关需要准备的材料包括：
重要证件
护照
在留资格认定书
入学许可证
这些证件在首次入境时会被海关查阅，特别是《在留资格认定书》和《入学许可证》。工作人员会检查这些文件后发放在留卡，这是在日本最重要的身份证明。
印章
建议在国内提前准备好硬币大小的姓氏章，因为在日本印章在法律事务中具有重要作用。
现金和信用卡
建议携带一些现金，尤其是初到日本时。同时，携带父母或自己的信用卡，以备不时之需。
其他入境材料
资格外活动许可申请表原件
黑色圆珠笔，用于填写入境相关资料
通过 Visit Japan Web 系统办理的入境审查及海关申报手续的二维码
根据中国海关要求，航班起飞前 24 小时内登录相关小程序填写申报健康情况，并在海关出示二维码。
其他建议携带的物品
证件照（日本常用证件照片的尺寸通常是高4cm宽3cm，免冠白底，可以随身带两版，另外，电子格式的也备着，以便在便利店打印）。
流量卡（如果需要）
学历证明、毕业证明和成绩单（根据各学校的入学须知进行准备）。
体检证明（根据各学校的入学须知进行准备）。
其他注意事项
携带超过100万日元现金需要填写申告单上报。
现金和预备金额建议分装，注意财物安全。
携带超过5000美元不满10000美元的，可以向外汇指定银行申领《携带证》；超过10000美元的外币现钞出境需要向外汇局申领《携带证》。
建议将所有相关证件和材料放在一个文件袋内，便于携带和查验。同时，确保所有文件都是最新的，并且提前准备好所有必需的文件，以避免在入境时出现不必要的麻烦。