日本留学生失踪的原因可能包括：
签证问题：
部分留学生可能因为签证过期或延长申请被入国管理局驳回而非法滞留。
经济原因：
一些留学生可能因为支付了大笔中介费或背负债务，期望通过非法打工来赚取快钱，并在赚够后离开日本。
工作条件：
技能实习生可能因为工作条件恶劣，如接触药物引发皮肤病，而无法继续工作，同时实习生制度不允许随意更换公司，因此选择失踪。
教育制度问题：
部分学校可能因为扩招留学生而管理不善，导致留学生在达到目的后离开学校，去向不明。
社会因素：
日本的老龄化严重，劳动力不足，吸引外国人来日务工，其中一些人可能以留学为名义非法打工。
以上原因可能单独或共同作用导致留学生失踪。