去日本留学需要办理的证件主要包括：
护照：
作为身份证明，必须随身携带并确保有效期至少还有六个月。
签证：
获得在留资格认定证明书后，通过日本驻华大使馆或领事馆申请。
在留卡：
在日本入境后，凭护照、签证和在留资格认定证明书换取。
再入国许可：
留学生回国后，若需返回日本继续学业，需办理此许可。
延长居留期限许可：
如签证居留期限到期，需申请延长。
资格外活动许可：
如需在日本打工，需事先申请并获得此许可。
国民健康保险证：
在日本居住期间必须办理的保险，以获得医疗保障。
此外，根据具体情况可能还需要准备以下材料：
学校申请表格、身份证复印件、户口本复印件、最高学历毕业证书或在读证明、成绩单、日语学习证明、经费担保人相关证明、亲属关系公证等。
印章：日本常用印章，建议准备两个，一个只有姓氏，一个全名。
入学许可书、经费支付书、银行存款证明、银行流水、个人所得纳税证明等财务相关文件。
居住地的申报：在领到在留卡后，向居住地的市区町村提交住址申报。
请确保所有文件准备齐全并按照正确的流程进行申请，以避免影响留学进程。