回国不认可留学申请的原因可能包括以下几种情况：
院校不被认可：
有些国外院校可能不被中国教育部认可，这会导致留学生在国外获得的学历无法在国内进行认证。
合作办学项目未备案：
如果留学生参加的是中外合作办学项目，而这个项目没有在中国教育部进行备案，那么该项目颁发的文凭回国后也是不被认可的。
学历认证问题：
国外学历认证需要满足一定的条件，包括院校必须被教育部认可，且需要通过相关的认证程序。如果留学申请不符合这些要求，回国后可能无法获得认证。
申请材料不齐全或不规范：
在申请留学时，如果申请材料不齐全或不规范，也可能导致申请不被认可。
签证问题：
有些留学生可能因为签证问题，如签证类型不符合要求或签证有效期不足，导致留学经历不被认可。
其他原因：
还有一些其他原因可能导致留学申请不被认可，例如留学期间有违反学术诚信的行为等。
建议留学生在留学前仔细了解目标院校的资质和合作项目的备案情况，确保所有申请材料齐全且规范，以增加回国后学历认证的通过率。