日本留学生需要缴纳的税款主要包括以下几种：
所得税：
根据日本税法，留学生在日本境内的收入，如打工所得、奖学金、家庭赞助等，都需要缴纳所得税。留学生每年有一定的免税额度，通常是38万日元。超过免税额度的部分，需按一定税率缴纳税款，通常税率为20%。
消费税：
在购买商品或接受服务时需要缴纳的税款，税率为10%。
住民税：
居住在某个地方的人应缴纳的税款，税率根据地区不同而有所变化。对于在日本长期居住的外国人，包括留学生，如果他们有收入，通常也需要缴纳住民税。
国民健康费：
这是一种强制性加入的保险，留学生通常也需要缴纳。
留学生在日本的税务处理可能较为复杂，建议咨询专业的税务顾问或相关部门以获得准确信息。需要注意的是，不缴纳上述税款可能会导致签证更新时遇到困难。