日本留学需要支付中介费的原因主要在于中介机构提供了包括材料准备、签证申请、住宿安排等一系列服务，这些服务是有成本的。以下是详细解释：
服务内容：
中介机构在申请过程中协助学生进行材料准备、签证申请、住宿安排等基本服务，这些服务需要投入大量的时间和人力，因此需要收取一定的费用来覆盖成本。
合作与返佣：
一些中介机构和日本的语言学校有合作关系，通过成功帮助学生申请入学，中介机构可以从语言学校获得一定比例的返佣，这样就不需要再向学生额外收费。
申请难度与费用：
申请本科和研究生，特别是涉及校内考、推荐信和个人陈述等难度较高的项目，中介需要投入更多精力提供个性化指导，因此费用会更高。艺术类和医学类专业的申请由于需要额外的作品集、面试准备和专业考试指导，费用通常更高。
市场竞争与运营成本：
不同机构之间的服务质量和收费标准不一，一些机构可能会通过收取更高的费用来提供更好的服务，或者通过收取排名费等方式来承诺帮助学生申请到排名较高的学校。
透明度和选择：
虽然存在一些免费或低成本的语言学校申请服务，但学生可能会对这种服务的透明度和可靠性持怀疑态度，因此选择中介机构提供的服务可以作为一种保障。
总的来说，日本留学中介费的收取是为了覆盖提供的服务成本，并通过合作关系获得额外收入。学生在选择中介机构时，应仔细评估其服务内容和质量，以确保能够顺利且安全地完成留学申请。