日本留学的手续费主要包括以下几个方面：
中介服务费
语言学校申请：免费申请，因为中介可以通过语言学校拿到佣金。
本科/专业学校申请：中介服务费约2万-3万元人民币。
硕士申请：中介服务费一般在4万元人民币左右，其中约1万元是中介收的服务费用，其余近3万元是帮助申请者联系导师所需的费用。
签证费用
签证签发手续费：一次有效签证人民币200元，多次有效签证人民币400元。
体检费用：一次需要1000元左右，需要直接交给医院的收费部门。
其他费用
考试费：N1、N2报名费为550元；N3、N4、N5报名费为450元。
申请费：一所学校大概是200元左右，申请多所需要缴纳多份。
境外服务费：通常在3万元人民币左右。
综合来看，日本留学的总费用大约在 4万元至6万元人民币之间，具体数额取决于学生的具体情况和消费习惯。建议在选择留学机构和准备材料时，仔细了解各项费用，并提前做好预算规划。