日本留学保证金的存取流程通常如下：
准备资金
存款金额通常需要为20万人民币左右。
存款形式为定期存单，存期通常为3个月至半年。
存款应存放在申请者的经费支付人名下。
存入定期存单
将所需金额存入定期存单，而非银行卡或存折。
获取存款证明
向银行申请开具存款证明，该证明将显示账户号和存款金额。
存款证明可以选择截止日期，通常选择申请签证的日期。
提交材料
在申请日本留学签证时，将存款证明作为重要的经济证明文件提交给签证官。
注意点
确保存款证明上的账户号与存单上的账户号一致。
如果存款在多个银行，建议将资金归拢到一个银行再统一开具存款证明。
存款证明原件在提交签证申请时需要交付日本入国管理局，在此期间资金不得取出。
存款证明和存单复印件将提供给学校。
请确保按照以上步骤操作，并注意在办理过程中保留好所有相关的银行单据，以备不时之需。