截至2024年，耶鲁大学下辖 12所学院，包括历史悠久的本科学院、文理研究院，以及10所专业学科学院。具体学院如下：
耶鲁学院（Yale College）
文理研究院（Graduate School of Arts & Sciences）
建筑学院（School of Architecture）
艺术学院（School of Art）
神学院（Divinity School）
戏剧学院（School of Drama）
工程与应用科学学院（School of Engineering and Applied Science）
管理学院（Yale School of Management）
医学院（Yale School of Medicine）
公共卫生学院（Yale School of Public Health）
环境科学学院（School of Environmental Science）
全球发展学院（School of Global Development）
此外，耶鲁大学还在新英格兰地区拥有大片森林和自然保护区，并在纽黑文市西部设有多个体育设施和希文校园。