本科专业主要归 教育部管理。教育部负责全国本科层次职业教育专业设置的管理和指导，包括制定专业目录、审批专业设置、监督专业教学质量等。同时，各省级教育行政部门根据教育部的规定，负责指导本省域内学士学位的授权与授予工作。
具体到高校，虽然高校在专业设置上有一定的自主权，但必须遵循教育部的相关规定。例如，高校在设置可授多个学科门类学士学位的高职本科专业时，需要明确该专业点学士学位授予的唯一学科门类，并在招生时向学生说明。
此外，部分高校如黑龙江大学、江南大学等，虽然隶属于不同的行政部门，但它们的本科专业设置和管理也需遵循教育部的总体指导和管理要求。