本科专业主要归 教育部管。教育部负责指导、检查、监督学校主管部门及其所属高等学校的专业设置，并对其进行宏观引导。此外，各省级学位委员会则负责指导本省域内学士学位的授权与授予工作。
具体来说，教育部职业教育与成人教育司会同学位管理与研究生教育司（国务院学位委员会办公室）联合制订了《高职本科专业学士学位授予学科门类对应表》，明确了高职本科专业归属的学科门类。同时，高校应建立和完善专业建设的保障机制，开展专业自评工作，并接受教育部或高校教育主管部门的检查、评估。
因此，本科专业的管理主要归属于教育部及其下属的各级教育主管部门。