本科专业认证的弊端主要包括以下几点：
认证标准单一
缺乏差异性和多样性：我国高等工程教育专业认证的标准基本趋同，对于不同工程专业的差异性和多样化缺乏鼓励与支持。认证标准的单一主要体现在对不同层次高校和不同类型高校的工程教育认证标准具有极大的趋同性，强调“标准”而淡化“特色”。
缺乏独立性和公正性
认证机构半政府性质：我国的高等工程教育专业认证机构是半政府性质的，缺少了民间机构的独立性和公正性。认证机构在制定评估方案时，更多参考了国家重点高校的基本情况，对于不同层次的高校及其工程专业的发展情况，认证机构在进行认证时仍然采用了对重点高校的认证标准，致使认证活动的公正性和权威性大打折扣。
高校盲目跟风
不顾本校实际情况：由于认证标准的单一性和缺乏差异性，高校在认证过程中往往不顾本校的实际情况，急于按照认证指标体系中的各种数字来完成所谓的发展，以向高水平、高层次的高校看齐。这种泡沫式的发展模式，严重影响了我国高等工程教育的质量。
忽视学科特点和发展优势
缺乏针对性：不同类型的高校，其学科特点和发展优势自然不同，认证标准却具有极大的趋同性，没有针对不同高校的特点制定相应的认证标准。这导致高校在课程设置、教学方法和硬件设施要求上缺乏针对性，难以发挥各自的优势。
综上所述，本科专业认证的弊端主要体现在认证标准单一、缺乏独立性和公正性、高校盲目跟风以及忽视学科特点和发展优势等方面。建议认证机构在制定认证标准时，应充分考虑不同类型高校的特点和需求，增加差异性和多样性，以确保认证活动的公正性和权威性，从而提高高等工程教育的质量。