专升本院校的专科专业毕业生在毕业时，其毕业证书上会注明“专科起点本科学习”这几个字。这种格式是统一规定的，所有参与重庆专升本招生的院校都会遵循这一标准。同时，专升本同学的学位证与普通本科生的学位证一致，上面并不会注明“专科起点本科学习”这几个字。
对于专升本学生而言，虽然他们最终会获得本科学历证书，但他们的专科毕业证也是有效的，并且不会被注销或替换。这意味着，专升本学生在完成专科和本科阶段的学习后，会同时持有专科和本科的毕业证书。
此外，专升本毕业证书的效力与普通四年制本科相同，均被国家承认，并享受同等待遇。无论是通过成人高考、自学考试还是普通高校专升本等途径获得的专升本学历，其毕业证书上都会明确标注“专科起点本科学习”的字样，并且具有与普通本科相同的效力。
综上所述，专升本院校的专科专业毕业生会获得一份注明“专科起点本科学习”的专科毕业证书，同时他们也会获得一份与普通本科一致的学士学位证书。这两份证书共同构成了他们的学历证明，具有同等的法律效力和社会认可度。